Se conocen como prefecturas las 47 jurisdicciones territoriales en las que está dividio el Japón: un distrito metropolitano (都; To), Tokio; una provincia (道; Dō), Hokkaido; dos prefecturas urbanas (府; Fu), Osaka y Kioto; y 43 prefecturas rurales (県; Ken). En japonés, esta división territorial se llama de forma habitual Todōfuken (都道府県).
Esta división fue establecida por el gobierno Meiji en 1871 y se conoce como la abolición del sistema Han. Aunque inicialmente fueron creadas unas 300 prefecturas, este número fue disminuyendo hasta un total de 47 en el año 1888. La Ley del Gobierno Local de 1947 otorgó más poder político a las prefecturas, proveyéndolas de la capacidad de escoger gobernadores mediante elecciones locales. En el 2003, el Primer Ministro Jun’ichirō Koizumi propuso la unión de prefecturas en 10 regiones que poseerían más autonomía que las actuales prefecturas.
Según la Ley antes mencionada cada prefectura se subdivide en ciudades (市 shi), villas (町 chō), y distritos rurales (郡 gun). Algunas prefecturas tienen más delegaciones (支庁 shichō) que llevan a cabo funciones administrativas de la prefectura fuera de la capital. En Hokkaido, estas delegaciones se llaman subprefecturas.

Los nombres de las prefecturas, la metrópolis y el territorio japoneses (en orden alfabético) son: Aichi; Akita; Aomori; Chiba; Ehime; Fukui; Fukuoka; Fukuyima;Guifu; Gunma; Hiogo; Hiroyima; Hokaido; Iamagata; Iamaguchi; Iamanayi; Ibaraki;Iuate; Iyikaua; Kagaua; Kagoyima; Kanagaua; Kioto; Kochi; Kumamoto; Míe;Miiagui; Miiazaki; Nagano; Nagasaki; Nara; Niigata; Oíta; Okaiama; Okinaua;Osaka; Saga; Sáitama; Tochigui; Toiama; Tokio; Tokuyima; Totori; Uakaiama; Yiga;Yimane; Yizuoka.